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仁济医院刘尽尧团队NC：蒙脱石变身发酵工厂，原位产"药"恢复肠道稳态Nature Communications——[15.7]
① 背景与设计：针对益生菌口服定植难及代谢物半衰期短、难以全面恢复肠道稳态的挑战，构建了负载色氨酸与乳果糖并吸附粪肠球菌（E. faecalis）的蒙脱石口服发酵系统（MOFS），在小鼠模型中评估疗效。② 核心发现：MOFS凭借蒙脱石的不透水性与黏膜黏附特性，实现益生菌的长效肠道滞留与生物膜形成，从而驱动有益代谢物吲哚和乳酸的高效原位合成，通过协同调控菌群、免疫与屏障全面恢复肠道稳态。③ 递送与滞留：MOFS在模拟胃肠液中保护细菌活性，并通过与黏蛋白的相互作用显著延长其在小鼠肠道黏液层的滞留时间。④ 原位生物合成：体外及体内实验证实，MOFS表面的粗糙结构促进了粪肠球菌聚集与生物膜形成，有效提升色氨酸和乳果糖向吲哚和乳酸的转化产量。⑤ 稳态重塑机制：原位合成的代谢物驱动巨噬细胞M2极化、树突状细胞成熟及B细胞IgA分泌，并上调ZO-1等紧密连接蛋白表达以修复受损屏障。⑥ 疾病模型疗效：在鼠伤寒沙门氏菌肠炎和白色念珠菌相关结肠炎小鼠模型中，MOFS能有效清除病原体、减轻炎症与组织损伤，恢复肠道稳态。
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A montmorillonite-based oral fermentation system enables long-lasting in-situ biosynthesis to restore intestinal homeostasis
2026-02-06 , doi: 10.1038/s41467-026-69071-2
中国科大陈林兴团队Science子刊：新型巨型噬菌体——肠道微生态中的重要角色Science Advances——[12.5]
① 背景与设计：针对肠道巨型噬菌体生态角色不清的问题，构建含7230个基因组的巨型噬菌体图谱（HPGC），并结合多组学技术解析了肠道新病毒分支Jug噬菌体的基因组与生态特征。② 核心发现与意义：Jug噬菌体是人类和动物肠道中普遍存在、高度活跃的巨型噬菌体，其独特的基因库与跨宿主传播能力提示其在塑造肠道微生物生态中扮演重要角色。③ 基因组特征与分类：从HPGC中鉴定出Jug噬菌体，其基因组达360-402 kb，分为4个亚群，尽管亚群间全基因组相似性>90%，但关键包装蛋白TerL一致性仅38-57%，提示针对特定结构基因的定向水平转移（HGT）驱动了演化。④ 转录后调控机制：基因组富含I型内含子导致聚合酶等关键基因高度片段化，体内转录组证实这些断裂基因通过RNA剪接恢复编码功能。⑤ 生态分布与传播：预测感染拟杆菌属与Phocaeicola细菌；在人和动物肠道中分布广泛且存在跨物种传播，在人类中可通过母婴及粪菌移植传播，高纤维饮食驱动其丰度扩增。⑥ 代谢重塑功能：编码高转录活性的钙离子转运P型ATP酶，推测通过调节细菌胞内Ca2+浓度以劫持细菌代谢或防御系统。
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Animal-associated jumbo phages as widespread and active modulators of gut microbiome ecology and metabolism
2026-02-06 , doi: 10.1126/sciadv.aeb6265
QuanT算法，突破微生物组批次效应瓶颈Microbiome——[12.7]
① 背景与设计：针对微生物组数据高度稀疏及过离散的特性，为解决由此产生的未测异质性（如批次效应）干扰，开发了非参数化分位数阈值法QuanT。② 核心发现与意义：QuanT通过多水平分位数回归捕获超越均值偏移的复杂分布异质性，其生成的替代变量（QSVs）可直接整合至下游模型，显著提升分析的稳健性。③ 算法原理：采用两阶段策略，首阶对分类单元进行多特异性分位数阈值化并提取奇异向量，次阶利用迭代特征加权校准以剥离已知协变量的相关性。④ 真实数据效能：在CARDIA（高血压）、HIVRC及结直肠癌数据集中，经QuanT校正后的数据显著提升了表型预测的AUC，并发现了更多与金标准一致的差异物种。⑤ 方法对比：综合模拟显示，相较于SVA和RUV，QuanT能更有效处理零膨胀数据，在严格控制假发现率（FDR）的同时最大程度保留了生物学信号。
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Identifying unmeasured heterogeneity in microbiome data via quantile thresholding (QuanT)
2026-02-07 , doi: 10.1186/s40168-025-02282-9
肠菌囊泡"投递"DNA，激活巨噬细胞抗病毒防线Gut Microbes——[11]
① 研究背景与设计：针对共生菌外囊泡（bEVs）调控肠道病毒感染机制不明的问题，利用小鼠诺如病毒（MNV）感染巨噬细胞模型结合转录组学及基因敲除等技术进行解析。② 核心发现与意义：特定革兰氏阴性共生菌bEVs通过递送DNA货物，激活宿主胞质（STING）及内吞体（TLR9）DNA感知通路，诱导I型干扰素依赖的抗病毒免疫应答。③ 病毒抑制表型：阴沟肠杆菌与多形拟杆菌来源的bEVs呈剂量依赖性显著抑制MNV在巨噬细胞中的复制，抑制效应起始迅速并持续至感染后48小时。④ 免疫激活机制：转录组分析显示胞质DNA感知通路显著富集；生化检测证实bEVs内含双链DNA，并直接诱导STING-TBK1-IRF3信号轴的磷酸化激活。⑤ 通路功能验证：在Sting或Tlr9敲除巨噬细胞中，bEVs诱导的IFN-β分泌显著减少且病毒复制部分恢复，证实STING与TLR9协同介导了bEVs的抗病毒效应。
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Induction of DNA-mediated immune responses by bacterial extracellular vesicles results in control of murine norovirus infection
2026-02-05 , doi: 10.1080/19490976.2026.2624171
补充花生酱能改善老年人行动能力吗？Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle——[9.1]
① 背景与设计：针对社区老年人跌倒风险与肌肉功能衰退问题，开展6个月单盲随机对照试验，纳入120名有跌倒风险的社区老年人，评估每日补充43g花生酱（约250 kcal）对比常规护理对身体机能的影响。② 核心发现：长期花生酱补充显著提升了下肢肌肉爆发力与坐立功能，并未改变主要终点步速或身体成分，提示坚果摄入特异性增强肌肉质量而非单纯增加体积。③ 功能结局：干预组五次坐立测试（5STS）时间显著缩短，绝对与相对坐立肌肉功率均显著增加，但步速、握力及膝伸肌力量未见组间差异。④ 身体成分与代谢：DXA扫描显示，尽管干预组总能量、蛋白质及脂肪摄入量显著高于对照组，但体重、体脂率及四肢瘦体质量（ALM）均无显著变化。⑤ 可行性与安全性：干预依从性达86%，参与者对口味与口感接受度良好，且未记录到严重不良事件，证实了花生酱作为老年营养补充策略的可行性。
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Effects of Peanut Butter Supplementation on Older Adults' Physical Function: A 6-Month Randomised Controlled Trial
2026-02-03 , doi: 10.1002/jcsm.70221
浙大朱书/张雅楠等NC：肠菌代谢物IPA如何促进肠黏膜愈合？Nature Communications——[15.7]
① 背景与设计：针对肠道菌群如何影响黏膜修复的问题，整合IBD队列代谢组学、小鼠结肠炎/放射性肠炎模型及类器官，探究肠菌代谢物在组织再生中的作用机制。② 核心概要：微生物来源的色氨酸代谢物吲哚-3-丙酸（IPA）通过激活肠上皮PPARα-HMGCS2介导的生酮通路，驱动β-羟基丁酸（BHB）生成以促进LGR5+肠道干细胞（ISC）增殖，从而加速黏膜愈合。③ IPA的保护作用：人及小鼠结肠炎中IPA显著减少；口服补充IPA或定植IPA产生菌罗氏消化链球菌（P. russellii）显著减轻小鼠结肠炎和放射性肠炎的肠道损伤、促进屏障修复，该保护作用不依赖于免疫调节。④ 靶点验证：分子对接与热位移实验证实IPA直接结合PPARα配体结合域的关键位点（Tyr314/Ile317），在PparaΔIEC小鼠及突变类器官中该保护作用消失。⑤ 代谢机制：IPA-PPARα轴直接上调限速酶Hmgcs2转录，通过提升内源性β-羟基丁酸（BHB）水平驱动ISC扩增和修复；BHB回补可挽救Hmgcs2ΔIEC小鼠的再生缺陷。⑥ 干细胞效应：单细胞测序及谱系示踪显示，IPA诱导的生酮流主要在损伤修复期而非稳态下促进Lgr5+干细胞库扩增及上皮分化。
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Microbiota-derived IPA protects against colitis by regulating intestinal HMGCS2-mediated ketogenesis to facilitate mucosal healing
2026-02-06 , doi: 10.1038/s41467-026-69341-z
NC：降糖新靶点，aPKC开启肠道"排糖"开关Nature Communications——[15.7]
① 计算筛选与模型：利用基于L1000数据库的REMEDY药物发现平台与单细胞转录组测序，在多种糖尿病小鼠模型及人肠道类器官中筛选模拟Roux-en-Y胃旁路术后葡萄糖排泄效应的靶点。② 核心发现与意义：非典型蛋白激酶C（aPKC）的激活通过诱导GLUT1向顶膜转位，驱动血液葡萄糖向肠腔排泄从而改善糖稳态，天然化合物Prostratin可重现此效应且不引发细胞增殖。③ 靶点锁定：对术后肠道组织的差异表达基因分析锁定PKC激活剂为首选模拟物，其中aPKC亚型（PKCζ/PKCι）在具有排糖功能的远端肠上皮中显著高表达。④ 分子机制：体外实验证实，aPKC的过表达或Prostratin处理诱导了GLUT1的磷酸化及向细胞膜转位，显著增强肠上皮细胞对葡萄糖的摄取与外排，且未破坏肠道屏障完整性。⑤ 体内干预：在db/db及饮食诱导肥胖小鼠中，肠道特异性过表达aPKC或给予Prostratin处理显著抑制了体重增长并改善葡萄糖耐量，PET-CT证实肠道葡萄糖摄取与排泄显著增加。
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Atypical protein kinase C activation drives intestinal glucose excretion in diabetes mellitus
2026-02-06 , doi: 10.1038/s41467-026-69193-7
Science子刊：溃疡性结肠炎中，γδ T细胞向致病亚群转变Science Immunology——[16.3]
① 背景与设计：针对溃疡性结肠炎中γδ T细胞亚群功能异质性不明的问题，利用单细胞转录组、TCR测序及质谱流式技术绘制了患者肠道与外周血的免疫图谱。② 核心发现：结肠炎驱动肠道γδ T细胞亚群显著重塑，稳态下的CD103+上皮内淋巴细胞丢失，固有层中涌现出致病相关的干细胞样及效应样新亚群。③ 亚群演化：炎症组织中保护性Vγ4+Vδ1+亚群耗竭，被TCF-1+PD-1+记忆/干细胞样亚群及GzmB+效应样亚群取代，两者存在明确的克隆分化轨迹。④ 上皮互作：肠上皮细胞下调维持稳态的BTNL3/8并上调压力诱导的BTN3A1/3，该分子开关与γδ T细胞的代谢重编程及致病亚群浸润显著相关。⑤ 临床关联：抗TNF或抗整合素治疗应答者的炎症相关亚群显著回落且上皮内淋巴细胞恢复，外周血Vδ1+与Vδ2+亚群则呈现与肠道相反的极化特征。
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Single-cell profiling reveals diverse γδ T cell subsets in ulcerative colitis
2026-02-06 , doi: 10.1126/sciimmunol.adx8474
Science子刊：解码溃疡性结肠炎的细胞因子网络，揭示新的机制与靶点Science Signaling——[6.6]
① 背景与设计：为解析溃疡性结肠炎（UC）细胞因子网络失调机制，整合128例受试者结肠单细胞转录组数据，通过NicheNet建模构建疾病及治疗状态特异的因子间互作网络。② 核心发现与意义：系统免疫学建模揭示了UC动态细胞因子互作层级，识别出TL1A等关键上游调节因子及JAK1主导的信号通路，为突破现有治疗瓶颈提供潜在靶点。③ 网络特征与验证：该网络捕获了生理相关的因子互作，并在患者源性结肠类器官及1型固有淋巴细胞共培养模型中通过RNA和蛋白水平验证。④ 初治炎症特异性：初治UC存在独特子网络，其中TNF、IL1B、IL6和 CCL2为核心入度节点，而IL1A与抵抗素（RETN）表现为高出度分泌源。⑤ 重连分析与JAK特异性：重连分析识别出IL22、TL1A和OSM等显著重构因子，其中55%的互作涉及JAK信号，且JAK1介导了OSM等治疗抵抗相关因子的信号转导。⑥ 治疗靶点 TL1A：TL1A在UC中显著扩张，通过调控TNF与IL23A占据互作网络上游，且参与活化成纤维细胞介导的促纤维化TGFβ1释放。
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Decoding cytokine networks in ulcerative colitis to identify pathogenic mechanisms and therapeutic targets
2026-02-03 , doi: 10.1126/scisignal.adt0986
生命早期因素预测早发型溃疡性结肠炎Clinical Gastroenterology and Hepatology——[12]
① 研究背景与设计：基于丹麦国家出生队列的50,592名子代数据，利用弹性网络Cox回归模型，评估生命早期暴露对炎症性肠病（IBD）及其亚型的预测效能。② 核心发现与意义：生命早期环境暴露对溃疡性结肠炎（UC）尤其是早发型UC具有显著预测价值，但对克罗恩病（CD）预测能力有限，支持不同亚型致病机制存在差异。③ 发病与随访：中位随访21.8年期间共确诊310例IBD（CD 171例，UC 139例），父母患病史显著增加了子代发病风险。④ 模型预测性能：针对13岁以下早发型UC的预测模型表现最佳，乐观校正C指数与AUC均达到0.76，显著优于仅包含父母病史的基础模型。⑤ 关键风险因子：除遗传外，抗生素使用、感染史、饮食模式（肉类/鱼类摄入）及家庭卫生环境（宠物/农场暴露）是驱动模型预测效能的关键变量。⑥ 临床分层潜力：高风险组（Top 5%）的累积发病率较其余低风险人群高1.6至26倍，提示该模型可用于识别高危儿童以进行早期干预。
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Prediction of inflammatory bowel disease based on early life risk factors in a population-based cohort
2026-02-03 , doi: 10.1016/j.cgh.2026.01.034
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